Подскажите пожалуйста, если нет багажа, надо стоять на стойку регистрации Литвы? Всегда летали с багажом. Бирку ручная кладь они должны повесить или нет?

Если онлайн регистрация то сразу проходите на досмотр и на паспортный контроль.

Нет, стоять не надо, идете прямо в зону досмотра. Если надо, потом у гейта навешают бирку.