Получил от Литвы визу С, являюсь гражданином РФ, не будет ли проблем на границе?

Если по ллп или спвг, то берете его с собой. Границу можно пересечь только напрямую из РФ или РБ сразу в Литву . Латвия, Эстония, Польша не пустит.