Хотела уточнить, я въезжаю в Джакарту, ничего если покажу обратный билет с вылетом из другого города (Медан, например)?

Главное, чтобы вылет из Индонезии был, может вы путешествуете по всей стране, поэтому это ок, проблем не будет.

Главное, ответить правильно, если будут вопросы, что вы будете путешествовать по Индонезии и из Медана улетите потом в Малайзию.

Ничего, норм, можно.