Если я покупаю не новое авто у диллера в Германии и он (допустим) согласен мне выставить счёт без НДС, а регистрация авто будет в другой стране ЕС, нужно ли мне в стране ЕС где будет регистрация авто платить налог НДС на не новую машину?

В каждой ЕС стране свои требования при регистрации авто. Вы можете в своей стране у таможенного брокера спросить. В некоторых странах не платиться.

НДС вы заплатите при продаже, если авто будет куплено на фирму. Что касается частных лиц, то по идее вы не можете купить у дилера без НДС.

Конечно, НДС придётся заплатить в конечной стране.

В каждой стране или ЕС свои требования на ввоз авто. Они смотрят на год выпуска, Евро класс по экологичности, тип топлива и тд. На электромобили бывает, что 0 платежей.