Подскажите, вылетаю в Ереван по внутреннему паспорту РФ, далее лечу в Италию по загранпаспорту РМ. Вопросов у армянских пограничников на выезде у них не возникнут?

При въезде в Армению покажите паспорт Молдовы и далее везде паспорт Молдовы.

Пограничникам РФ показываете загран РФ, далее везде загран РМ, т. е. въезд в Армению по паспорту РМ.