Лечу из Стамбула в Ларнаку через Афины. Билеты покупал у эйджен эйрлайнс.

На руках есть доки с мигрейшена.

У Вас ряд нестыковок. Во-первых. Если Вы покупали билеты у одной авиакомпании (не через агрегаторы), как единый билет с пересадкой в Афинах, то Вам в первом аэропорту выпишут все посадочные, а багаж офоомят до конечного пункта. И второе, но важнее первого. Вас не пустят в самолёт в Стамбуле, если у Вас не будет визы, Вы просто не сможете пройти регистрацию. Сотрудники авиакомпаний проверяют документы на предмет законности въезда в ту или иную страну. Если у пассажира нет необходимых документов, то Вас даже не зарегистрируют.

Если у вас всё-таки единый билет от Aegean, то не играться с онлайнами и дотопать до стойки регистрации в Стамбуле, чтобы все свои доки из миграции (ресипт?) предъявить и получить все посадочные.