Подскажите, если сын проходит КП на репатриацию в израиль в Молдове и сразу оттуда будет вылетать в Израиль, ему же в дальнейшем для МВД не понадобится большинство доков, которые он везёт на КП?

Я бы без всякого сомнения все документы отдала сыну до окончательного результата, чтобы ничего не помешало ему благополучно закончить все проверки и только потом заняться своими документами. Никогда не знаешь, что из документов попросят показать.

Ну наиболее правильным будет сделать комплект нотариально заверенных копий, а комплект оригиналов будет находиться на руках у того, кто репатриируется. Понятно, что многие документы скорее всего "не потребуются", но лучше перестраховаться, чем потом думать, как переслать недостающее.