Мы тут случайно провафлили срок пребывания ребёнка на кипре 90/180 на неделю, по дням, не по сроку визы, что за это может быть?

Это нарушение визового режима. Можно больше не получить визу. А что значит, не по сроку визы? Именно по сроку и просрочили.

Если еще есть возможность - бегом прям завтра утром в миграционку продлевать. Иначе стоп-лист в шенген.