Подскажите, пожалуйста, если была несколько раз в Ереване - в Баку пустят?

Не думаю что из-за этого могут быть проблемы! Ереван не является спорной территорией.

Пустят, просто будут выспрашивать что вы делали в Армении и тд лишние 5- 10 минут на границе на ответы на вопросы.