Можно ли в разных загранпаспортах, если у нас их 2 иметь 2 разные шенгенские визы? Например в одном паспорте испанскую, а в другом итальянскую?

Конечно можно, два паспорта предополагают собой, что один может быть на каком-то долгом рассмотрении на визу США и т. д. И это разные страны и разные визы.