Подскажите, учитывая, что у меня паспорт РФ, если я получу ВНЖ на Кипре, можно ли будет въехать на территорию Шенгенской зоны?

Вы можете и так въехать в шенгенскую зону в куче стран, пересечь там границу Шенгена а далее отправиться в нужную вам страну. Для этого вам нужна шенгенская виза и правильно подобранный маршрут. На всякий случай - ВНЖ Кипра не заменяет шенгенскую визу и не даёт права въезда в Шенген. Но действительно, в некоторых странах в запрет на въезд есть исключение "для обладателей ВНЖ ЕС", но это все равно на усмотрение пограничника и не даёт ничего сверху кроме возможности полететь прямым рейсом (если посадят)

В Чехию пускают из любой страны Шенгена. Не пускают прямыми рейсами извне шенгена. Так что, даже имея шенгенскую визу, вы с Кипра в Чехию не попадете .

С ВНЖ Кипра и без шенгенской визы вы сможете заехать только в Болгарию и Румынию.