Подскажите, если есть ВНЖ, но сделал новый загранпаспорт в РФ с аннулированием старого с налепницей, то по возвращению в Сербию нужно делать белый картон? И как сделать налепницу на новый загран?

Покажите старый. Белый картон не надо, у вас есть действующий боравак.

Я бы обратился прямо в МУП за конкретными шагами, но вообще ваш боравак действует если ещё не истёк.

У вас аннулирован только паспорт, боравак - это в первую очередь ваш статус, а не бумажка наклеенная. Приедете - идите в муп и объясняйте ситуацию, они перенесут в новый паспорт. БК вам не нужен.