А возможно ли при стыковочных рейсах одной авиакомпании(как я понял, багаж не выдают) не идти в транзитную зону, а действительно выйти погулять в город и пройти паспортный контроль?

Естественно.

А кто вам запретит? Если вы не придете на свой второй рейс - ваш багаж, конечно, без вас никуда не полетит, и второй билет пропадет, но короткая "прогулка" в пределах времени стыковки ничего не меняет в ваших отношениях с авиакомпанией - ей глубоко фиолетово, сидели вы в транзитной зоне или проходили между рейсами паспортный контроль туда-сюда. Если у вас при посадке на первый рейс выданы оба посадочных (обычно так и происходит при единой а/к) - вы выйдете и зайдете снова, не обращаясь на стойку регистрации, а печати в паспорте сотрудники а/к не считают.