У кого есть опыт репатриации в Израиль, скажите, ксерокопии делать документов и, если делать, отдельно в файл их положить?

Если речь про КП, копии не нужны. Только если у вас нет каких-то оригиналов доков, делайте их цветные копии в хорошем качестве (они консулу интересны), нотариально заверять не надо (его РФ нотариус вообще не интересует).