Я правильно поняла, что из Вильнюса в Москву лучше на поезде Янтарь( с учётом всех нюансов)

Если есть гражданство РФ, то лучше всего на поезде.

При наличии заграна РФ или РБ никаких.

Поездка из Москвы в Вильнюс на поезде - это практически идеальный вариант поездок не только в Литву но и транзит на запад: поезда ходят точно по рассписанию, они комфортны, в них удобно спать, погранцы приходят к вам а вы к ним причём это все или а самом начале или в конце поездки. От Каны до Вильнюса есть электричка амесли ночью то за копейки такси. Никаких подводных камней нет если у вас паспорта рф/рб и документы враждебного нам государства ( внж, паспорт итд главное чтобы не виза С шенген). Поездов помимо Янтаря ещё четыре ( летом) один московский, а, питерский адлерский и челябинский. Последние два идут через Смоленск.