Скажите, пожалуйста, если я прилетаю с паспортом страны, с которой разрешён въезд в Литву, то билет на поезд, следущий через Смоленск и Кяну, покупать наверно лучше по загран. паспорту Российскому?

Именно по нему.

Не просто "лучше", а ни по какому другому кроме российского и белорусского вам билет на поезд не продадут. Проводнику поезда и российским/белорусским пограничникам показываете российский паспорт, литовским пограничникам - ваш второй, дающий право на въезд в Литву.