Похоже визу репатрианта получим незадолго до рождения ребенка, и не успеем улететь в Израиль. Что в этом случае делать? Заново проходить всю процедуру из-за нового члена семьи? Или как-то проще?

Постараться родить ребенка уже в статусе граждан Израиля. Это решит огромную кучу будущих проблем. Возможно, стоит написать в консульство, чтобы ускорили КП в связи с обстоятельствами.

Звонить-писать в консульство, просить войти в положение и перенести прием на более раннюю дату. Дальше ноги в руки, лететь в Израиль и оформлять гражданство, это быстро на самом деле. Формально получили ТО в аэропорту - уже граждане. Но лучше потратить ещë пару дней, получить временный ТЗ и заказать био. А дальше можете вернуться и спокойно родить. Ребенок двух граждан Израиля получает гражданство явочным порядком.

Проще купить билеты за свой счет прилететь и родить здесь.