Подскажите пожалуйста могут ли быть проблемы если приехать в Камбоджу с животным и если есть все документы и чип и все прочее?

Никаких.

Животное не сможете зарегистрировать на пересадочный рейс. Я везла животных с собой из России (1 кошку и 2 собаки). До Бангкока на самолёте, потом пересекала наземную границу.

Сертификат, выдающийся в аэропорту РФ при отбытии рекомендую отсканировать или сделать копию, так как в аэропорту Бангкока у вас его заберут.