Скажите, в Азербайджане комиссия во всех банкоматах одинаковая? Если не, то в каком банке самая низкая комиссия?

Комиссия по моему везде одинаковые.

Менял в muganbank. Вообще без комиссии 1000₽/17 манат.

Нет конечно, смотря какая карта и какой банк. Золотой в аэропорту это премиум банк.