Подскажите пожалуйста, можно ли сейчас пересекать границу РФ на авто на немецких номерах?

Конечно, как и раньше. Это никогда не было запрещено. Но важно - кто именно управляет этим авто. Если россиянин, то должны быть соблюдены условия некоторые. Если иностранец, то только виза нужна (кому нужна)