Хотел уточнить один тонкий момент чтобы не облажаться на ровном месте. Максимальные 90 дней отсутствия на Кипре считаются со дня выезда или со следующего дня? И день прилета считается днём отсутствия или нет?

Дни прилета и отлёта считаются как 1 день.

Для налогового резидентства: • День отъезда с Кипра считается днем, проведенным за пределами Кипра; • День прибытия на Кипр считается днем, проведенным на Кипре. Скорее всего и 90 дней за пределами Кипра считают по тем же правилам.

Проще всего считать ночи, а не дни. 90 midnights.