Подскажите в имуге какой рейс указывать, если лечу из Москвы в Мале с пересадкой в Бахрейне?

Тот который приземляется в Мале.

По международным правилам, транзитная остановка не считается точкой отправления по этой причине можете смело указывать РФ как точку отправления, а рейс Доха - Мале.