Подскажите если влетела на греческую часть Кипра (Ларнака), можно ли по окончанию визы вылететь из Эрджана(Турецкая часть)? Будут ли какие либо проблемы потом при посещении греческого Кипра?

Насколько помню правила оформления провизы, это грозит блокированием вьезда на ЮК. С точки зрения Южного Кипра, посещение Северной части не законно и вылет с территории Северного Кипра не считово, т. е. означает нарушение режима пребывания.

Нет нельзя. У вас просрочится греческая виза и потом вас кинут в черный список. С какого аэропорта прилетели, с такого и вылетаете.