Подскажите, на стойке регистрации Turkish airlines взяли с меня оплату за пребывание в Колумбии больше 60 дней (110 миль), такое бывает, это нормально?

Ну всё верно. Официально 60 дней, всё, что выше - штраф.

Это никак не связано с визой и миграционными вопросами. Скорее всего это налог/сбор на выезд из страны (не помню точно название), обычно он включен в стоимость авиабилетов, но в некоторых случаях его взимают в порту при выезде.

Хорошо, что напомнили. Аэропортовый сбор. Взимается при обратном вылете. По-моему только наличными.