На рейс из Москвы в Денпасар через Доху, требуют сертификат о вакцинации?

Нет, не требуют Он не нужен уже.

На прошлой неделе летели, правда обратно: Денпасар-Доха-Мск, нигде не спросили ещё неделей ранее летели Мск-Доха-Джакарта, тоже не спрашивали вакцинацию.