Кто-нибудь оформлял молдавский загранпаспорт с изменением транслитерации? По умолчанию пишут на румынском, можно ли попросить написать в английской транслитерации?

Нет.

Можно.

Можно или по румынски или как в загране. Остальное делается через изменение ФИО в ЗАГСе.

В Молдове так поменять нельзя. Можно только через официальное изменение имени и фамилии, потом новый булетин и потом загран.