Целый комплекс причин: вандализм разных эпох (например, при Индравармане II могли уничтожать изображения Будды, переделывать рельефы с медитирующим Буддой в медитирующих Шиву или архатов и т. д.), разворовывание храмов в XX веке с целью продажи фрагментов статуй (голову статуи легче украсть и легче продать), ну и просто разрушение статуй от времени (древнегреческие статуи же тоже часто без голов:))
Где-то читала, что это дело рук тайцев, что при завоевании территории всем головы рубили, даже статуям.
Помимо вандализма и вывоза за границу, если еще одна причина. Головы часто неустойчивы и благодаря своей форме могли значительно дальше укатиться. а большинство храмов собрали по кусочкам, в хорошей сохранности-единицы. тот же бапуон развалился уже через 30 лет после постройки. иногда головы статуй находят. вот, например, осенью недалеко от южных ворот ангор-тома нашли голову от статуи с моста. а мост в паре десятков метров. как она туда докатилась-загадка.
