Купили билет Сургут - Ереван на российский паспорт. Далее перелет Ереван - Ларнака естественно по загранпаспорту. Не будет ли вопросов что нет отметок в загранпаспорте о прибытии в Армению из РФ?

Нет, как вы приехали в Армению на Кипре точно смотреть не будут))

Не должно быть. Может Вы живёте в Армении) Но можете попросить таможню в Армении поставить в загран штамп.

У меня муж прилетал в Армению по российскому , далее летал уже по заграну. Никто не проверяет , как вы приехали в чужую страну. Им главное, чтоб в их вы прибыли легально.

Вы воспользовались законным правом въезда в страну, не нарушили никаких законов, почему к вам должны быть вопросы? Не надо придумывать себе лишних проблем, это проблемы пограничной службы, как учитывать таких транзитников Так что не переживайте, и спокойно используйте любой документ, который допустим в каждой конкретной ситуации. В крайнем случае просто предъявите его еще раз на другой границе.