Подскажите, при заполнении профиля ЕЕ, опыт работы именно адвокатом в коллегии адвокатов (то есть не по трудовому договору, но и не ИП и не самозанятый) - считается ли self-employed и требует ли поставить такую галочку?

Если это опыт вне Канады, то не важно, поставите вы галку или нет. Это влияет только надо баллы канадского опыта (у самозанятых он не засчитывается как канадский). Опыт вне Канады в любом случае будет засчитан, работали ли вы на себя или на компанию.