Человек заехал по росзаграну в Израиль (не гражданин) и отдал паспорт в посольство us для визы. Сроки задержали, нужно вылетать в РФ. Есть второй загранпаспорт РФ. Вопрос: не будет ли проблем на границе при влете на один паспорт, а вылете на другой?

Конечно будут) въезжал один человек, с одним номером паспорта, выезжает с другим паспортом, причем второй даже показать не сможет. Как вариант, может попробовать объяснить ситуацию. Там уже по ситуации.

Не будет: у самой два заграна, постоянно миксую их - выезжаю по одному и заезжаю по другому. Ни разу вопросов не было, в системе видно, что у человека два действующих документа.