Прилетаю на Мальту ночью - есть ли там стойки такси в аэропорту? или следует озадачиться трансфером заранее?

Если есть интернет (либо словить вайфай в аэропорту), можно вызвать такси через болт или убер.

В аэропорту есть стойка такси, там можно платить наличными и ( скорее всего, не проверял ) эта стойка должна работать в течение всего времени, когда прилетают рейсы. Стоимость этого такси фиксирована в зависимости от района, в который Вы собираетесь ехать, и она не сильно больше стоимости от Болт.