Подскажиет пожалуйста, может быть был у кого такой опыт? Вылетаю из Еревана в Ларнаку 28-го вечером, прилет соответственно 29-го в час ночи.

Именно так. Могут быть вполне, случаи такие есть. Надо было визу ставить днем раньше. Или стыковку брать больше. Придется там разговаривать и объясняться. Будьте готовы, что могут и не посадить. И будут правы. По факту, у Вас нет документов на въезд. Но может и убедить, ведь виза будет по прилете уже актуальна В общем, на усмотрение сотрудников чекина всё. Удачи!