Подскажите, есть ли разница, на какой паспорт брать билет? Лечу из Израиля в Россию. В России будет пересадка на внутренний рейс. Могу ли я взять общий билет на российский паспорт (с собой будет оба паспорта)

Никакой разницы. Израильским погранцам надо показать израильский паспорт, российским - российский. Посередине тот паспорт, который позволяет пересекать границы - и билеты лучше на него же. В условиях прямого рейса Израиль-РФ - это любой, если где-то пересадка в месте, где российские паспорта не любят - лучше на израильский брать.