Если лететь по маршруту Москва- Ереван-Ларнака. Первый по РФ паспорту. Второй по заграну. При втором перелёте на границе не возникнет вопрос как человек попал в Ереван из РФ, если в загране нет отметок?

В Ереван вы всегда можете прилететь и улететь из/в РФ по общегражданскому, но при вылете из Армении в любую другую страну, кроме РФ вам уже придется предьявить загранпаспорт. Вопросов об отсутствии штампа о въезде это не вызывает. Просто покажете общегражданский (а он у них уже в базе, как использовавшийся для въезда). Проверено неоднократно. Иногда, даже удается «уболтать» выпустить и по общегражданскому паспорту, обосновывая это тем, что этот загранпаспорт потом может понадобится для въезда в Азербайджан.