Приехал в Ташкент по загранпаспорту РФ. Проблем не было на границах. При временной регистрации выяснилось, что я гражданин Узбекистана ещё.

Такая же ерунда случилась. Идёте в овир, делаете id, регистрируется по нему, потом собираете документы на отказ. Они там все расскажут. Потом дают справку об отказе от гражданства. Вылетаете по рос паспорту, если спросят показываете справку.

С Узбекистана погранзону проходить с узбекским паспортом, а РФ погранзону проходить с российским паспортом. Вот и всё. Это и есть светофор.