Можно ли лететь из Германии в Хельсинки, а потом на автобусе в Санкт-Петербург с визой С?

Можно, это не запрещено. Но может быть ситуация, что авиакомпания не захочет вас сажать на рейс. В этом случае они не правы, доказывайте что вы имеете право.