Планирую в первый раз попутешествовать на авто по Европе, планирую поехать для начала в Прагу ( из Берлина).

В ту сторону все страны с платными дорогами. но платными являются только автобаны и скоростные дороги, местного значения - без оплаты. обычно можно заранее купить электронную виньетку, по крайней мере, в чехии, словакии, австрии, венгрии и хорватии точно. минимум - 10 дней, цена от страны колеблется, но ориентируйтесь на 12-15 евро за 10 дней.