Разрешено ли заехать на своем авто в Монголию через Бурятию, а выехать через Алтай?

Да. Мы вот, например, заедем через Алтай, а выедем через Бурятию.

Но есть одно но-не попадитесь на кпп алтая в дни праздников. Они не работают там.

На границе обязательно скажите об этом монгольским пограничникам- дадут дополнительную бумажку на своём языке - её надо будет отдать при выезде. Заезжал через Алтай - выезжал через Тыву год назад - сомневаюсь, что что то изменилось за это время.

Да, но нужно при заезде на таможне обязательно указать, что выезжать будете через другой таможенный пункт.