Подскажите кто изучал детали - при подаче на ILR и гражданство проверяют дни отсутствия в стране. Неполные дни куда засчитываются (например если в этот день прилетел или улетел из страны)?

Конечно проверяют. Одним днём отсутствия считается если вас не было в стране в 00: 00 часов. Если вы в 7 утра улетели и вернулись в 10 вечера того же дня, это не считается днём отсутствия.

Дни отлёта и прилёта не учитываются. То есть если уехал в понедельник и приехал во вторник, то это даже указывать не надо. Если уехал в пн и приехал в среду то это один день отсутствия.

Как Вы находились в стране.

Никуда. Они не считаются.