Муж планирует лететь Спб-Ереван-Кишинев. Загранпаспорт РФ через 5 месяцев заканчивается, я так понимаю его в Молдову по нему не пустят?

Пустят, надо чтобы паспорт действовал на момент пересечения границы не менее чем ещё три месяца. По поводу билетов, конечно же нет. Нельзя предъявить билет на одни данные, а проходить паспортный контроль на другие данные. Вы можете лететь по паспорту РФ, а вот уже в Молдове как основание для приезда в Молдову показать паспорт мд, если у пограничников возникнут вопросы.