Подскажите пожалуйста. Мы репатриируемся в Израиль по прабабушке. Но она была похоронена на Ваганьковском кладбище, не на еврейском. Сама могила не сохранилась. Подскажите пожалуйста, насколько это плохо для КП?

Неважно) Главное, чтобы у вас документы были, подтверждающие еврейство.

Если есть другие доказательства того, что она была еврейкой, это вообще не важно.

Можно в принципе не говорить консулу где похоронена прабабушка. Главное чтобы были документы о ее еврейском происхождении))

Никак не влияет, нужна не могила, а ее документы, и все остальные, подтверждающие цепочку вашего родства.