Подскажите, хочу взять у Пегаса на сайте тур на 3взр+ребенок, нужно 2 номера в отеле.

Бронируйте тогда через ТА, а не через ТО. С ними можно эти нюансы обговорить. Но я не вижу вообще никаких рисков, что один тур не подтвердят. Вчера смотрела туры на 7 июня - были и билеты, м отели. Так что, вряд ли такое будет, что не подтвердят один из туров. И ещё когда будете считать стоимость на два номера - то поиграйтесь ценами, как дешевле будет - 2 взрослых и 1 ребёнок в одном номере, третий взрослый - во втором номере. Или в первом номере 2 взрослых, а во втором 1 взрослый и ребёнок. Цена может быть различной. А жить уже будете как захотите.

В комментариях при бронировании указывается, что подтверждать тур только с другой заявкой и всё.

Вы не возьмете напрямую тур У Пегаса, это все равно будет турагентство, Поэтому Обратитесь на сайте, где вы собирались бронировать в чате агенту или позвоните по номеру, указанному на сайте и выразите свое пожелание.