Через сухопутную границу пускают в сторону РФ с немецким гражданством (российского нет) и российской визой? И через Калининград тоже?

У Вас виза есть для въезда, значит основания для проезда есть. Максимум, что может быть - ненужные вопросы и расспросы из разряда "а к кому, а куда, а на сколько".

Конечно. Но тоже готовьтесь к разговору, куда, зачем, явки, адреса и т. д. Из Калининграда в РФ дальше только авиапуть, если дальше собираетесь.