Я репатриируюсь в Израиль , сын пока нет. Если через год он захочет, будут ли проблемы ( еврейка моя бабушка по отцу)?

Не должно быть. Просто дополнительная головная боль и суета. Заново всё проходить.

Если я правильно понимаю, Ваш сын третье поколение. Постоянно ходят разговоры о том, чтобы лишить третье поколение права на репатриацию, буквально пару месяцев назад вносили законопроект на рассмотрение. Может все останется на уровне разговоров конечно, но я бы пользовалась возможностью, пока есть.