Подскажите, если по прилёту в ОАЭ при прохождении паспортного забрали у всей семьи паспорта и ждали где то час пока вернут, это нормальная практика ?

По прилете куда? В оаэ или в России? В эмиратах не нормальная практика, в России может быть, что угодно.

У нас с дочкой тоже забирали но минут 5, куда то ушёл, потом долго сканировал сетчатку глаза, потом мы с ним к другому таможеннику, видимо, старшему, ходили, ещё минут пять, опять сканировал. Фамилии у нас разные и фото у ребёнка на паспорте давнее, выросла, может непохожа стала) И у меня было сви-во о рождении с переводом и нотар. заверенное(вроде как требование при въезде), но его не спросили, зато оно понадобилось при заселении в отель.

Нет, обычно так не поступают.