Если у прабабушки в свидетельстве о рождении написано Еля(её так зовут), а в свидетельстве о браке написано Елена(перепутали), сильно ли это критично для КП?

Остальные данные совпадают? Если да, то тут не раз встречалось, что где-то в именах отчествах ошибки. Вроде проходят люди. Главное чтобы было очевидно, что это тот же человек.

Нет, не сильно. И нет, не перепутали. Консулы прекрасно об этом "перепутали" знают. Но чем больше вы найдете документов на оба имени, тем лучше - комсомольские билеты, трудовые книжки, тащите все подряд. Консулу гораздо важнее понять, что вы действительно семья.