У меня нет росс заграника, только молд. Могу я полететь в Армению с росс внутренним, а потом в Молдову из Армении с молд загранником?

Ну по идее ничего не должно Вам помешать.

В Армению можно летать по внутреннему паспорту. Вы при прилете в Армению покажите паспорт МД и по нему же вылетайте в Кишинев. По какому паспорту въехали, по такому же паспорту и вылетаете.