Подскажите пожалуйста, если в договоре есть доп соглашение в котором прописано, что моё место работы не в России, а нахожусь я в Узбекистане, мне нужно платить подоходный налог либо в России, либо в Узбекистане?

Это соглашение прикрытие для самой компании, чтоб если что им не выставили счет. В реальности у вас два пути - либо в тихую сидеть и надеяться что налоговая не прознает (благо сейчас нет общего механизма мониторинга каждого человека, надеются на сознательность граждан), либо официально заявить о налоговом нерезиденстве - а в этом случае единого мнение нет, от бухгалтера зависит, кто то будет удерживать 30%, кто то как и было 13 удержит, а вы уже сами должны 17% доплатить, а есть и такие которые считают что 13 процентов в РФ платить не нужно и будет их отдавать вам, а вы в свою очередь должны их платить по месту жительства.