Скажите, на поезде из Ташкента в Самарканд можно ехать с животными (собака в контейнере)?

Можно.

Собак мелких пород и щенков разрешается провозить при себе при условии размещения их в таре (сумке, корзине, клетке и др.) во всех вагонах пассажирских поездов.

Покупаете билет на его нос тоже... и едете... Имея намордник... вет. паспорт... ошейник и поводок... и наличие разрешения от ветеринара здесь (типо прошёл карантин).

Перевозка собак крупных пород, при наличии ветеринарной справки, производится: в багажных вагонах в специальных контейнерах или ящиках с поддоном под наблюдением владельцев или сопровождающих, которые должны проезжать в этом же поезде; в нерабочем тамбуре первого за локомотивом плацкартного вагона (не более двух собак) под наблюдением владельцев или сопровождающих, которые должны проезжать в этом же вагоне; в тамбуре пригородного поезда (не более двух собак) под наблюдением владельцев. При желании владельца на собаку приобретается билет за полную стоимость или выкупается все купе в купейных вагонах пассажирских поездов. Собак мелких пород и щенков можно провозить при себе при условии размещения их в таре (сумке, корзине, клетке и др.) во всех вагонах пассажирских поездов. Собаки, кроме помещенных в тару, перевозятся (в том числе и в пригородных поездах) в намордниках и на поводке.