Глупый вопрос наверное, но можно ли в Германии поставить апостиль на диплом после его перевода или придется повторять потом перевод?

Зависит рт того, насколько строго относится к переводам то ведомство, куда вы предоставляете диплом. Если делать совсем правильно, то, да, нужен перевод документа уже вместе с апостилем.

Апостиль можно отдельно перевести.